El Programa de Doctorado en Ciencias y Tecnologías de la Computación se articula alrededor de tres grandes líneas de investigación:

1. Ciencia de datos e Inteligencia Artificial (IA). Esta línea de investigación se centra en el estudio y aplicación de la extracción, tratamiento, carga y procesamiento de datos mediante técnicas de inteligencia artificial vinculados a diferentes dominios de aplicación (como por ejemplo las Smart cities). Los investigadores del programa trabajan actualmente en la definición de estrategias para el análisis exploratorio de datos, la creación de nuevos modelos predictivos basados en inteligencia artificial y la aplicación de técnicas tanto de machine learning como de Deep learning a la resolución de problemas propios de la ciencia de datos. Los investigadores de referencia son:
   • BOBADILLA SANCHO, JESÚS (Catedrático de Universidad)
   • CAMACHO FERNÁNDEZ, DAVID (Catedrático de Universidad)
2. Diseño de sistemas software complejos y aplicaciones (INGSW). Esta línea de investigación se centra en la Ingeniería del Software de sistemas complejos, particularmente en los modelos de proceso, arquitecturas de producto y herramientas software para conseguir mejorar, en términos generales, la calidad del producto software y de manera relacionada la del proceso de elaboración de ese producto. Entre las aplicaciones en las que se trabaja figuran IT para energía y smartgrids, en la que se utilizan Tecnologías de la Información para mejorar la gestión energética (cubriendo aspectos tales como el diseño para bajo consumo, reciclado, reutilización e impacto ambiental) y el diseño de sistemas de recomendación en el marco de redes sociales. Los investigadores de referencia son:
   • GARBAJOSA SOPEÑA, JUAN (Titular de Universidad)
   • PÉREZ BENEDÍ, JENNIFER (Titular de Universidad)
   • PÉREZ MARTÍNEZ, JORGE ENRIQUE (Titular de Universidad)
3. Arquitectura de computadores, seguridad y redes avanzadas (ATCRedes). El objetivo de esta línea de investigación es el estudio de arquitecturas informáticas para la mejora, en diferentes niveles, de los sistemas de cómputo actuales. Esta línea incluye la investigación en arquitecturas hardware avanzadas, el avance en sistemas de computación cuántica, la definición de sistemas de redes y comunicaciones complejos, el análisis de mecanismos de seguridad informática y el uso de sistema de blockchain. Los investigadores de referencia son:
   • GARCÍA LÓPEZ DE LACALLE, JESÚS (Titular de Universidad)
   • MOZO VELASCO, ALBERTO B. (Titular de Universidad)
   • NARANJO HERNÁNDEZ, JOSÉ EUGENIO (Catedrático de Universidad)
   • ROBLES VALLADARES, TOMÁS (Catedrático de Universidad)